按照微生物与氧的关系，可将其大致分为好氧微生物（好氧菌）和厌氧微生物（厌氧菌）两大类，进一步又可细分为五类：

这类微生物必须在较高浓度分子氧的条件下才能生长，绝大多数真菌和多数细菌、放线菌都是专性好氧菌。

这类微生物以在有氧条件下生长为主，也可兼在厌氧条件下生长，有时也称“兼性好氧菌”，许多酵母菌都是兼性厌氧菌。

这类微生物只能在较低氧分压条件下才能正常生长，如霍乱弧菌等。

4、耐氧菌。

耐氧性厌氧菌的简称，这类微生物可在分子氧存在条件下进行发酵性厌氧生活。它们的生长不需要任何氧，但分子氧对它们也无害，通常乳酸菌属多为耐氧菌。

有一般厌氧菌与严格厌氧菌（专性厌氧菌）之分，这类微生物即使短期内接触分子氧也会抑制其活性甚至致死，其生命活动所需能量通过发酵和无氧呼吸等方式提供，常见的厌氧菌有双歧杆菌属等。

亦称好氧菌，在有氧环境中生长繁殖，氧化有机物或无机物的产能代谢过程，以分子氧为最终电子受体，进行有氧呼吸，包括大多数细菌、放线菌和真菌，没有氧就根本不能生长的细菌，称作专性好氧细菌。

有很多细菌是好氧细菌，特别是大多数化能自养细菌、醋酸菌、枯草杆菌（枯草芽孢杆菌）、结核菌、固氮菌等均为专性好氧细菌。此外，有一种在分压低于0.2标准大气压下也能够良好生长的细菌，称它为微好氧细菌。

好氧性细菌有共生固氮菌、自生固氮菌（Azotobacteria）、乳酸菌、肺炎双球菌（Diplococcuspneumoniae）、硫细菌（sulfur bacteria）等。

厌氧微生物绝大多数为细菌，很少数是放线菌，极少数是支原体，厌氧真菌尚见于个别的报道。厌氧微生物在自然界分布广泛。人类生活的环境和人体本身就生存有种类众多的厌氧微生物，它们与人类的关系密切。

尤其近十多年来许多新技术和方法的应用，致使厌氧微生物学取得很大的进展，获得了丰硕的成果。发现了众多种类的厌氧微生物，它们在自然界不仅生存于一般的常温的无氧和少氧环境中，最近尚发现有生存于高温环境最适生长温度为100－103℃甚至有高达105℃的超嗜热专性厌氧细菌，亦发现有能生长在南极的嗜冷厌氧菌，尚发现有能在22－25%盐浓度中生长的专性厌氧发酵的嗜盐菌。

厌氧菌尚无公认的确切定义，但通常认为这是一类只能在低氧分压的条件下生长，而不能在空气（18%氧气）和（或）10％二氧化碳浓度下的固体培养基表面生长的细菌。按其对氧的耐受程度的不同，可分为专性厌氧菌、微需氧厌氧菌和兼性厌氧菌。

厌氧菌种类：

脆弱类杆菌群、产色素普雷活特和卟啉单胞菌、解脲类杆菌群、核梭杆菌、厌氧革兰阴性杆菌、厌氧革兰阴性球菌、厌氧革兰阳性球菌、产气荚膜梭菌、其他被状芽胞杆菌、厌氧革兰阳性杆菌。

厌氧微生物的特点：

1.厌氧微生物绝大多数为细菌，很少数是放线菌，极少数是支原体，厌氧真菌尚见于个别的报道。厌氧微生物在自然界分布广泛。

2.最初的生命形式。

3.能够在氧气不足或无氧气的情况下，完成生物化学反应，从而净化受到污染的水体。

4.氧气是它的一种废弃物，大量的氧气对它来说是有害的，是一种毒气。

5.为简单细胞（有核）。

6.厌氧微生物的分离和纯种培养的困难，研究厌氧微生物的技术和方法进展又相当缓慢，致使人类对厌氧微生物的认识和利用远远落后于对好氧和兼性厌氧微生物的研究工作。

7.人类生活的环境和人体本身就生存有种类众多的厌氧微生物，它们与人类的关系密切。

8.在无需提供外源能量的条件下，以被还原有机体作为受氢体，分解处理城市污水等高浓度有机废水，净化环境，还能产生可利用能源——沼气。

9.厌氧微生物可利用的基质极为广泛，包括各种含氮或不含氮的有机物及二氧化碳。它们在地球氨、碳生物学大循环中起到重要作用。

10.产甲烷厌氧菌、氧化氨厌氧菌、硫酸盐还原菌。

好氧微生物就是与外界有氧的环境直接接触的，细胞内常含有关有氧呼吸的酶及相关的物质，也能进行有氧的一些代谢活动。

厌氧微生物是与氧源隔离的，有氧对它只能是毒害，会产生有毒物质，影响它的生存。

生存环境，两者都需要如生存需氧量，酸碱度，温度耐受程度，厌氧微生物还需要定期补充碱源以保证生物活性。

营养环境，好氧及厌氧生物生存所需比例不同，厌氧生物还需要一定量的微量金属元素，而其处理能力也需要氨及硫化物提供生物营养。

生物种类不同，厌氧生物多为细菌易产生变异，好氧生物为各类原生动物及后生动物，种类繁多。